00:00:00
Halo assalamualaikum warahmatullahi
00:00:02
wabarokatuh berjumpa lagi dengan saya di
00:00:04
channel itu saya ensiklopedia Ahmad
00:00:06
Fauzi di video Sebelumnya kita telah
00:00:08
mempelajari bagaimana caranya memodelkan
00:00:11
protein secara tiga dimensi kemudian di
00:00:14
video tersebut kita juga telah
00:00:16
mempelajari bagaimana memfasilitasi
00:00:18
struktur tiga dimensi tersebut dengan
00:00:20
menggunakan beberapa cara salah satunya
00:00:23
dengan menggunakan ramachandran Cloud
00:00:25
seperti ini di video tersebut kita juga
00:00:27
telah berkenalan dengan timal yaitu
00:00:29
software yang bisa memvisualisasikan
00:00:31
struktur tiga dimensi dari protein yang
00:00:34
yang telah kita modelkan tersebut dan
00:00:37
pada video kali ini Mari kita
00:00:38
mempelajari bagaimana caranya melakukan
00:00:41
molekular doping antara protein tersebut
00:00:44
dengan senyawa alami yang sudah kita
00:00:47
pilih di beberapa video sebelumnya
00:00:49
langkah yang harus kita lakukan yang
00:00:51
pertama adalah kita siapkan atau kita
00:00:54
preparasi struktur tiga dimensi dari
00:00:56
protein target Oke kita buka api
00:01:00
terlebih dahulu ini pemalu saya
00:01:03
kalau link timbulnya Seperti yang saya
00:01:06
sampaikan di video sebelumnya ada di
00:01:08
bawah video sebelumnya tersebut di kolom
00:01:11
deskripsi Anda bisa mendownloadnya
00:01:13
melalui link tersebut kemudian setelah
00:01:15
timbulnya terbuka Mari kita buka file
00:01:20
struktur tiga dimensi protein yang telah
00:01:23
kita siapkan di video sebelumnya
00:01:26
kemarin di folder download nah ini ya
00:01:28
protein RBB one Open
00:01:32
Oke ini tampilannya ya saya maksudnya
00:01:35
agar tampilannya lebih besar kalau ingin
00:01:38
menggerak-gerakkan seperti ini caranya
00:01:40
budaya kita klik kiri Mouse kita
00:01:43
kemudian tidak kita lepas kita geser
00:01:45
geser Mouse sehingga bisa bergerak
00:01:47
seperti kalau ini besar kecilkan
00:01:50
perikanan yang dilakukan kemudian jika
00:01:52
atas kebawah sehingga bisa mengecil
00:01:55
membesar seperti itu kemudian
00:02:00
sekarang kita bisa preparasi struktur
00:02:02
tiga dimensi ini menggunakan Bimo
00:02:04
misalkan kita menginginkan struktur tiga
00:02:07
dimensi ini bebas dari air misalkan saja
00:02:11
kita memperoleh struktur ini bukan dari
00:02:13
pemodelan tapi langsung dari database
00:02:15
default kemudian masih ada airnya
00:02:17
Bagaimana cara menghilangkannya nah
00:02:20
disini kembali lagi di sisi kanan ada
00:02:22
beberapa pilihan ya kemudian kita bisa
00:02:26
kita dipilih Yang ah ya ulang lagi
00:02:29
tombol Adio limited Saya klik kemudian
00:02:33
pilih Brimob quotes ya jadinya airnya
00:02:36
hilangkan kalau misalkan ada airnya
00:02:38
airnya maka sudah hilang Nah setelah
00:02:41
airnya hilang molekul ini bisa kita
00:02:44
simpan Bagaimana cara menyimpannya nah
00:02:47
ini saya minimalis lagi disini di file
00:02:50
tombol klik kiri sekali kemudian Syekh
00:02:55
molekul yang ini klik kiri sekali
00:02:57
kemudian ini dipastikan Hai sudah
00:03:00
terpilih kemudian klik ok lalu kita
00:03:05
simpan di folder yang kita inginkan
00:03:07
misalkan saya tetap default gendut
00:03:09
kemudian namanya kita ganti misalkan RBB
00:03:13
One
00:03:15
bersih-bersih dari air maksudnya
00:03:18
tipenya masih bdfg ya kayaknya kemudian
00:03:21
kita klik
00:03:22
ok setelah protein sudah siap sudah kita
00:03:26
preparasi waktunya kita melakukan
00:03:28
molekular detik walaupun rohingya dengan
00:03:32
bantuan software yang namanya
00:03:34
yang kita bisa download ya lirik secara
00:03:37
gratis melalui bantuan Google kita akses
00:03:40
Google kemudian kita bisa Tuliskan pyhx
00:03:44
seperti ini kemudian enter kemudian di
00:03:48
sini ada lirik source code ini ya
00:03:51
Welcome to the website ini bisa kita
00:03:53
klik kita bisa gratis ini ini ada cus
00:03:57
tombol sini kita pilih kamu kita
00:04:00
download nanti setelah di-download
00:04:02
diklik next next next daya yang ada
00:04:06
centangnya dibiarkan enggak usah
00:04:08
dihilangkan atau ditambahkan kemudian
00:04:10
nanti Insyaallah
00:04:11
program virusnya berhasil terdownload
00:04:15
Nanti kalau sudah terdownload tinggal
00:04:18
dicari saja kita Klik tombol Windows ini
00:04:21
kita Tuliskan
00:04:24
kemudian kalau sudah mencuri aplikasi
00:04:27
virus seperti ini kita klik kirim sekali
00:04:30
kemudian kita tunggu Azhar software
00:04:33
tersebut terbuka
00:04:35
timal ini bisa kita tutup ya karena
00:04:37
sudah tidak kita gunakan nanti kita
00:04:40
gunakan lagi Tapi sementara kita tutup
00:04:41
doa
00:04:42
Oke ini tampilan software trik yang
00:04:45
sudah terbuka biar besar
00:04:48
sekarang bagaimana caranya di sini ada
00:04:51
berbagai menu ya sekarang kita pilih
00:04:53
yang openbabel terlebih dahulu kita klik
00:04:56
kiri sekali kemudian kita Arahkan kursor
00:04:59
Kita karaoke di sini ada Insert new item
00:05:02
ya pakai tombol ini kemudian kita klik
00:05:05
kiri sekali sehingga akan muncul kotak
00:05:08
seperti
00:05:09
kemudian kita ke folder tempat kita
00:05:13
menyimpan senyawa alami kita nah ini ya
00:05:16
ini senyawa alami yang pernah kita
00:05:19
siapkan di beberapa video sebelumnya
00:05:20
menggunakan kurkumin kemudian klik Open
00:05:23
sehingga senyawa tersebut masuk ke sini
00:05:26
kemudian senyawa ini kita klik kiri
00:05:30
kemudian Klik Kanan setelah Klik Kanan
00:05:33
kita pilih minimize old
00:05:36
jadinya kita minimasi ini perlu
00:05:39
dilakukan ya kita minimasi kita klik
00:05:42
nah ini sudah termini masih Anda juga
00:05:46
bisa melakukan minimasi dengan
00:05:48
menggunakan berbagai senyawa lain
00:05:49
senyawanya dimasukkan kesini semua
00:05:52
minimal sehingga semuanya
00:05:54
energinya di ini masih
00:05:57
kemudian setelah berhasil di minimart
00:06:00
ini perlu kita sih lagi cara ngetiknya
00:06:03
gimana Klik Kanan kemudian kita pilih
00:06:06
save as
00:06:07
kemudian kita ke folder yang kita
00:06:11
inginkan pingin disimpan di mana saya
00:06:13
kembali ke folder download misalkan
00:06:15
kemudian nama file-nya curcumin curcumin
00:06:20
kemudian bisa kita tambahkan keterangan
00:06:23
minimasi lalu tipe format dari file yang
00:06:28
kita simpan ini pede kita cari yang pede
00:06:32
kemudian kita klik kemudian kita Steve
00:06:37
kita flixsif Oke ini masih sudah selesai
00:06:40
Sekarang waktunya kita lakukan Rocky
00:06:42
caranya gimana kembali ke arah sini
00:06:46
bawah kiri ada tulisan Vina Wizard ini
00:06:48
kita
00:06:50
kemudian kita Arahkan kursor kita kearah
00:06:53
kanan disini ada tombol Start kita klik
00:06:56
lagi lalu di sini ada Fb Gan ada Euro
00:07:00
molekul ini karena beberapa waktu yang
00:07:03
lalu saya pernah tidak pernah mencoba ya
00:07:05
maka muncul seperti ini kalau yang belum
00:07:08
pernah
00:07:10
menggunakan trik
00:07:12
bagaimana Kok bisa kosong agar kosong
00:07:15
ini saya pilih aja biar tampilannya sama
00:07:19
Oke
00:07:22
ini enggak usah diperhatikan ya saya
00:07:24
tidak diperhatikan saya kembali lagi ke
00:07:27
final Wizard
00:07:31
kemudian di sini ada adegan ada at makro
00:07:35
molekul ligan adalah senyawa alami kita
00:07:37
yang ukurannya kecil makro molekul
00:07:40
adalah protein target kita yang
00:07:42
ukurannya besar jangan sampai kebalik
00:07:43
nanti bingung
00:07:45
sekarang kita klik apply Gan terlebih
00:07:48
dahulu ligan adalah senyawa alami yang
00:07:51
kecil yang tadi sudah kita minimasi kita
00:07:53
cari folder tempat kita menyimpan
00:07:55
senyawa alami tersebut
00:07:58
kurkumin minimasi Ayo kita klik kemudian
00:08:01
kita pilih tombol Open
00:08:05
udah masuk kemudian Sekarang waktunya
00:08:08
kita mau masukkan makro molekul atau
00:08:10
protein target kita jadinya tombol
00:08:12
snowcrow molekul ini kita klik kemudian
00:08:16
kita masukkan struktur tiga dimensi dari
00:08:20
RBB yang tadi Wow ternyata Airnya sudah
00:08:22
dilakukan alias RGB one bersih kita klik
00:08:26
kemudian klik Open kemudian kita tunggu
00:08:30
prosesnya kadang pada saat kita
00:08:32
memasukkan seperti ini maut
00:08:34
respondingnya seperti not responding
00:08:36
corresponding nanti kita bisa menutup
00:08:40
tirai ini lagi kemudian kita buka lagi
00:08:42
nanti bisa bisa kembali normal nah ini
00:08:46
contohnya saya
00:08:47
Anda bisa langsung menggunakan banyak
00:08:50
artinya Anda bisa langsung banyak
00:08:53
senyawa alami maka bisa
00:08:57
Misalkan tambah software Hai tambah
00:09:00
hasil ngebren dan sebagainya sehingga
00:09:02
nanti hujannya banyak oke setelah itu
00:09:05
ini diklik makromolekul nya ini yang
00:09:08
kita pilih RBB ini kita klik
00:09:11
kemudian kalau berhasil klik disini akan
00:09:15
mokkol tombol powernya menyala seperti
00:09:18
ini Nah setelah itu kalau memang enggak
00:09:21
berhasil Coba klik kesini lagi Kemudian
00:09:24
klik kesini lagi
00:09:25
hingga nanti tombol powernya warna hitam
00:09:28
bagus kemudian kita klik power
00:09:32
kemudian di video kali ini kita belajar
00:09:34
bagaimana caranya melakukan blocking
00:09:37
secara general jadinya dopingnya nanti
00:09:40
senyawa kurkumin nya bisa nempel di
00:09:42
daerah manapun dari rdb Kalau anda ingin
00:09:46
melakukan blocking spesifik maka great
00:09:48
ini bisa diatur bisa diletakkan di
00:09:51
daerah dimana kita menargetkan senyawa
00:09:54
alami tersebut bisa namun pada video
00:09:56
kali ini kita pakai doping
00:09:58
jadinya di Hai di keterangan ini kita
00:10:02
maximize sehingga beratnya meluasnya
00:10:04
seperti seluruh protein target daerah
00:10:07
dibuatin target Nah setelah selesai
00:10:10
kemudian kita bisa pilih ini kursor ke
00:10:14
kiri bawah ada rantina kita klik Campina
00:10:18
kemudian kita tunggu prosesnya
00:10:23
nanti akan muncul seperti ini ya
00:10:25
boardingnya ini kita tunggu sampai 100%
00:10:28
dahulu
00:10:31
seperti yang saya katakan tadi ligan ini
00:10:33
bisa lebih dari satu bahkan kalau lebih
00:10:36
bagus kita bisa menambahkan kontrol
00:10:38
berupa obat senyawa obat bisa kita
00:10:41
peroleh dari Oke maupun drag bike
00:10:44
webserver bisa dimasukkan kesini juga
00:10:47
sehingga nanti bisa kita bandingkan
00:10:48
hasil docking antara senyawa alami kita
00:10:51
dengan senyawa alami dengan obat kontrol
00:10:54
juga begitu nah ini hasilnya di bagian
00:10:57
bawah kalau kita memasukkan diganti sini
00:11:00
makan nanti berbagai Niken lain juga
00:11:03
muncul misalkan ada Sogol ada gingerol
00:11:06
akan muncul di sini juga obat kontrol
00:11:08
juga muncul kemudian Bagaimana cara
00:11:10
membaca hasil doping seperti ini manakah
00:11:13
yang paling bagus yang paling bagus
00:11:15
adalah yang banding of initinya paling
00:11:18
negatif yang muncul atas ini Paling
00:11:21
negatif jadi misalkan ada beberapa
00:11:23
senyawa alami pembanding ada obat
00:11:25
kemudian ada senyawa alami yang Kita uji
00:11:27
Maka kalau kita ingin memilih senyawa
00:11:29
alami terbaik adalah senyawa alami yang
00:11:31
baik di hp-nya yang paling negatif nah
00:11:34
ini yang paling negatif yang tekan lain
00:11:36
enggak ada pembandingnya ya Ya sudah
00:11:39
yang paling baik
00:11:41
enam poin 2.2 selanjutnya hasil docking
00:11:46
ini perlu kita
00:11:47
bagaimana caranya kita kembali ke arah
00:11:50
atas kiri sini kemudian yang air bersih
00:11:54
underscore comment adalah ini masih ini
00:11:57
merupakan hasil ini perlu di Tasik
00:12:00
gimana kita Klik Kanan kemudian save
00:12:03
spdb
00:12:05
kemudian kita pilih folder tempat kita
00:12:07
ingin misalkan folder gendut lagi
00:12:10
kemudian kita kasih nama misalkan
00:12:14
senyawanya kurkumin yang keluar command
00:12:16
block
00:12:19
kemudian ini kita tetap wolfis ya
00:12:22
kemudian kita pilih Steve karena tadi
00:12:25
seksinya sebagai PBB otomatis menjadi
00:12:27
PBB nanti setelah ini selesai waktunya
00:12:30
kita buka timal lagi
00:12:33
Oke sudah terbuka Sekarang waktunya kita
00:12:37
buka hasil docking kita klik file
00:12:40
kemudian Open caranya seperti tadi
00:12:42
kemudian kita cari folder downloads
00:12:46
folder tempat kita menyimpan SD doping
00:12:51
kemudian bedanya dengan tadi sekarang
00:12:53
kita buka dua file sekaligus yaitu hal
00:12:57
senyawa alami setelah dibooking dan
00:13:00
file-file protein target jadinya ini
00:13:03
kita klik kiri kemudian kita tekan
00:13:04
kontrol di keyboard kemudian kita pilih
00:13:07
senyawa target kita yang bersih dari itu
00:13:09
RBB one underscore bersih ini ya
00:13:12
dua-duanya terklik kemudian klik Open
00:13:16
nah ini hasilnya ya Nah kemudian bisa
00:13:19
kita maximize besar ya ini tersenyumnya
00:13:22
masuk jadinya kemudian agar gelas
00:13:25
manakah ini makro molekul nyata
00:13:27
proteinnya dan Manakah senyawa lainnya
00:13:30
agar jelas kita coba bedakan
00:13:34
membedakan tampilannya caranya gimana
00:13:36
kita kembali disini old kemudian kita
00:13:39
pilih
00:13:40
kemudian kita pilih preset ini
00:13:44
kemudian kita pilih ligan size Nah
00:13:48
setelah ligan sayap kita pilih di sini
00:13:50
Misalkan menggunakan kartun nah sehingga
00:13:54
hasilnya seperti ini kalau kita ingin
00:13:56
kecilkan kita tekan Klik Kanan kemudian
00:13:58
kita tarik ke Wah save kita ingin
00:14:02
putar-putar kita menggunakan klik kiri
00:14:05
bisa kita Arahkan nyanyi hasilnya Ya ini
00:14:09
yang tengah ini ini merupakan ligannya
00:14:14
senyawa alaminya sedangkan yang besar
00:14:16
ini ini struktur dua dimensi dari
00:14:20
protein targetnya itu ya kemudian di
00:14:24
sini bisa kita lihat ada ikatan kimianya
00:14:26
begitu struktur tiga dimensi bagus sih
00:14:30
bentuknya tapi agak kurang jelas kalau
00:14:32
kita lihat kita bisa kalau ingin melihat
00:14:35
Bagaimanakah interaksi kimiawi secara
00:14:37
dua dimensi bisa kita bisa kita pisau
00:14:40
visualisasikan tapi tidak menggunakan
00:14:42
menggunakan webserver di internet
00:14:46
caranya gimana untuk melakukan analisis
00:14:49
tersebut hasil visualisasi antara
00:14:53
bookingan antara protein dengan senyawa
00:14:55
alami ini perlu kita sih terlebih dahulu
00:14:57
cara ngeceknya gimana kita
00:15:00
sekali lagi kesini kemudian kita pilih
00:15:02
file kemudian kita pilih save molekul
00:15:06
kemudian air bersih dan kurkumin dog ini
00:15:10
kita Klik dua-duanya sama caranya kita
00:15:12
klik salah satu kontrol kemudian kita
00:15:15
klik satunya
00:15:17
protein dan senyawanya kita
00:15:20
kemudian Oke
00:15:22
kemudian file-nya bisa tetap seperti ini
00:15:26
tabungan seperti ini kemudian kita klik
00:15:28
Steve
00:15:29
lalu kita ke browser ke Google
00:15:35
kemudian kita bisa menuliskan berprotein
00:15:40
+
00:15:41
protein +
00:15:44
kemudian enter kemudian di sini ada
00:15:48
cendrung Furby informatik ini ini bisa
00:15:51
kita klik
00:15:52
sehingga kita diarahkan ke website dari
00:15:55
protein + semacam ini kita
00:15:57
visualisasikan secara dua dimensi bisa
00:16:00
kita upload filenya Disini yang upload
00:16:04
protein bukan applicant kita Cut file
00:16:07
kemudian kita upload
00:16:10
yang ha apa visualisasi antara yang
00:16:14
terakhir Anto King antara senyawa dan
00:16:16
protein target yang barusan kita sih
00:16:18
tadi jadinya paling atas kemudian klik
00:16:21
Open
00:16:23
kalau berhasil akan muncul namanya Dini
00:16:26
kemudian go
00:16:29
nah ini hasilnya cantik sekali ya Ini
00:16:33
sementara hampir sama seperti tim oleh
00:16:35
di tampilannya kalau kita ingin fokuskan
00:16:37
diri dan maka kita bisa
00:16:40
Red langsung kita Zoom kesitu secara
00:16:44
otomatis tadi kita ingin lihat dua
00:16:48
dimensinya agar lebih terlihat jelas
00:16:51
Turkinya Gimana caranya di sini ada
00:16:54
berbagai pilihan kita pilih post view to
00:16:57
the Interaction diagram
00:17:00
Hai
00:17:03
kemudian akan muncul seperti ini kita
00:17:05
klik pos biologi tombol
00:17:09
kemudian
00:17:11
di sini kita klik crepe sehingga disini
00:17:15
otomatis muncul
00:17:16
kemudian kita klik Calculate tombol
00:17:19
disini kita tunggu sebentar
00:17:21
Nah ini hasil diagram 2 dimensi yang
00:17:25
menggambarkan interaksi antara ligan
00:17:27
dengan target ini merupakan ikatan
00:17:31
hidrogen Sedangkan ini ikatan hidrofobik
00:17:35
ini residu dari asam amino protein
00:17:40
target ini kemudian bisa kita baik ini
00:17:44
maupun ini ataupun yang di Timur itu
00:17:46
kita ambil gambarnya kemudian kita
00:17:48
laporkan
00:17:51
Bagaimana caranya kita melakukan
00:17:53
blocking di video selanjutnya kita akan
00:17:57
lanjut analisisnya ini kan kelihatan
00:18:00
kurkumin bisa berinteraksi dengan
00:18:02
protein target yang terlibat dalam
00:18:04
pembentukan kanker sehingga kesimpulan
00:18:07
sementaranya bisa kita katakan kurkumin
00:18:09
ini bisa saja menjadi kandidat obat
00:18:11
untuk kanker namun sebelum kita
00:18:14
simpulkan seperti itu perlu kita
00:18:16
analisis Apakah dia memang layak menjadi
00:18:19
obat Apakah dia punya kemiripan dengan
00:18:21
obat Apakah dia struktur fisikokimianya
00:18:24
sejalan dengan obat paramagnetiknya
00:18:27
Bagaimana apakah dia toksik atau tidak
00:18:29
nah prediksi-prediksi
00:18:31
analisis tersebut akan kita lakukan di
00:18:34
video selanjutnya terima kasih
00:18:36
assalamualaikum warahmatullahi
