Video Tutorial Docking Molekuler Dengan Aplikasi Autodock

00:32:05
https://www.youtube.com/watch?v=a3AsGOc7BOo

Summary

TLDRThis video presents a comprehensive guide on conducting molecular docking simulations. It explains the basic concepts of molecular docking, including the purpose of simulations, the software required (MDL tools, Discovery Studio, AutoDock), and the steps involved from protein preparation to analyzing results. The tutorial emphasizes the method of obtaining target proteins, preparing ligands, and running simulations. Additionally, it discusses how to interpret the results and validate the findings against existing data. This process is crucial for drug discovery and understanding molecular interactions.

Takeaways

  • ๐Ÿ”ฌ Molecular docking predicts drug-protein interactions.
  • ๐Ÿ’ป Key software includes MDL tools and AutoDock.
  • ๐Ÿ“ Proper preparation of proteins and ligands is essential.
  • โฑ๏ธ Docking generally takes 15-30 minutes.
  • ๐Ÿ“Š Results can be visualized for better interpretation.
  • ๐ŸŽฏ Validating results against known data is crucial.
  • ๐Ÿ” Ensure correct molecular formats before docking.
  • โš™๏ธ Adjust docking parameters for accuracy.
  • ๐Ÿ“ˆ Assess binding energy to gauge effectiveness.
  • ๐Ÿ“š This method aids in drug discovery processes.

Timeline

  • 00:00:00 - 00:05:00

    In this video, the presenter introduces molecular docking simulations, starting with the basic concepts of molecular docking and its purpose, which includes predicting ligand binding and discovering new ligands through virtual screening. They highlight the importance of software tools needed for this simulation process, such as MDL tools, Discovery Studio, and AutoDock, and explain their roles in preparing ligands and proteins for the docking process.

  • 00:05:00 - 00:10:00

    The first step outlined by the presenter is to create a dedicated folder for the docking process and locate the target macromolecule protein from online databases, such as the RCSB PDB. They demonstrate how to find a specific proteinโ€™s PDB ID and the structural details necessary for preparing the protein-ligand complex.

  • 00:10:00 - 00:15:00

    After preparing the docking folder, the presenter emphasizes the need to visualize and clean up the downloaded structure using Discovery Studio, which includes removing water molecules and unnecessary residues. They illustrate how to modify the visual representation to focus on the protein and the ligand to be docked, such as ibuprofen, ensuring the structure is ready for the next steps.

  • 00:15:00 - 00:20:00

    In the next segment, the focus shifts to using AutoDock software to prepare molecules for docking. The presenter details the process of adding hydrogen atoms, setting the charge states, and saving the protein and ligand in the correct formats. They explain how this preparation is crucial for the accuracy of the docking simulation results.

  • 00:20:00 - 00:25:00

    Moving forward, the presenter discusses setting up the docking parameters, including defining the grid box around the protein where the ligand will bind. They walk through the process of inputting necessary files, configuring the algorithm, and starting the docking run, which can take time based on the number of docking attempts set in the simulation.

  • 00:25:00 - 00:32:05

    Finally, the video concludes with the analysis of the docking results. The presenter explains how to evaluate the output files, including energy scores and binding interactions. They demonstrate how to identify key amino acid interactions with the ligand, which indicates binding stability, and underscore the importance of validating these results against literature to confirm the predictions made in the simulation.

Show more

Mind Map

Video Q&A

  • What is molecular docking?

    Molecular docking is a computational simulation used to predict the interaction between a drug (ligand) and a target protein or receptor.

  • What are the main objectives of molecular docking?

    The main objectives include predicting binding modes of known ligands, discovering new ligands virtually, and predicting binding activity of known compounds.

  • Which software tools are needed for the simulation?

    Essential software includes MDL tools, Discovery Studio Visualizer, AutoDock, and more.

  • How is the initial protein obtained for docking?

    The protein can be downloaded from specific databases by searching for its PDB ID.

  • How are ligands prepared for docking?

    Ligands need to be converted to the correct format and are prepared using software tools to add hydrogen and check molecular structure.

  • What is the significance of the docking results?

    The results help in understanding how well the ligand binds to the target protein, which is essential for drug design.

  • How long does the docking process typically take?

    The docking process may take around 15-30 minutes, depending on the complexity.

  • What indicates a successful molecular docking result?

    A successful result is often indicated by a lower free energy of binding and valid atomic distances.

  • Can the simulation results be visualized?

    Yes, the results can be visualized using software like Discovery Studio or other molecular visualization tools.

  • How can I validate the docking technique?

    Validation can be done by comparing simulation results with known literature or experimental data.

View more video summaries

Get instant access to free YouTube video summaries powered by AI!
Subtitles
id
Auto Scroll:
  • 00:00:01
    halo
  • 00:00:03
    [Musik]
  • 00:00:07
    sahabat-sahabat creasi
  • 00:00:10
    [Musik]
  • 00:00:13
    Hai
  • 00:00:14
    assalamualaikum warahmatullahi
  • 00:00:16
    wabarakatuh satu kali ini saya akan
  • 00:00:19
    memperlihatkan Bagaimana cara melakukan
  • 00:00:22
    simulasi Bagaimana Sule dari tahap awal
  • 00:00:24
    pencarian mikroprotein kemudian
  • 00:00:28
    preparasi lygend dan protein hingga
  • 00:00:30
    Bagaimana menganalisis hasil simulasi
  • 00:00:33
    hacking munculnya pertama kita auto dulu
  • 00:00:37
    apa sih itu joki molekuler jadi joki
  • 00:00:41
    molekuler merupakan simulasi secara
  • 00:00:44
    komputasi yang digunakan untuk
  • 00:00:46
    memprediksi
  • 00:00:47
    ikatan antara obat atau yang biasa kita
  • 00:00:50
    sebut gajian dengan Sisi aktif Dari
  • 00:00:52
    reseptor atau protein yang kita gunakan
  • 00:00:56
    sebagai parkir
  • 00:00:58
    kemudian Apa tujuan kita melakukan
  • 00:01:00
    backup muncul er jadi tujuan utamanya D3
  • 00:01:03
    yang pertama memprediksi cara pengikatan
  • 00:01:06
    dari ligan yang diketahui memiliki
  • 00:01:08
    aktivitas kemudian mencari Legends baru
  • 00:01:11
    secara virtual screaming Hai game yang
  • 00:01:14
    ketiga memprediksi aktivitas ikatan dari
  • 00:01:17
    senyawa yang diketahui aktif
  • 00:01:20
    selanjutnya untuk melakukan simulasi
  • 00:01:22
    dokumenter ini software-software apa
  • 00:01:25
    yang harus kita download Jadi yang
  • 00:01:27
    pertama MDL tools versi
  • 00:01:31
    1.5.1 ini yang terbaru Kemudian untuk
  • 00:01:36
    visualisasinya dan preparasi Liga dan
  • 00:01:39
    proteinnya kita bisa pakai Discovery
  • 00:01:41
    studio visualizer versi terbarunya yang
  • 00:01:44
    2021 untuk visualisasi sendiri Kita juga
  • 00:01:49
    bisa pakai Imel kemudian
  • 00:01:53
    software berikutnya adalah autodock 4
  • 00:01:56
    Danau Toba Dream
  • 00:01:58
    Hai kemudian langsung saja kita masuk ke
  • 00:02:03
    langkah pertama Silahkan di simak video
  • 00:02:07
    berikut ini
  • 00:02:09
    Hai
  • 00:02:10
    tipe jadi Langkah pertama dalam
  • 00:02:13
    melakukan semua tidak molekular kita
  • 00:02:17
    harus membuat folder proses docking
  • 00:02:20
    disini Saya sudah buat order proses
  • 00:02:24
    blocking dimana isinya ini adalah
  • 00:02:28
    otodoke yang sudah kita download itu
  • 00:02:31
    kita copy dan paste ke dalam sini Jadi
  • 00:02:36
    nanti ada Alto dompet dan autograde 4
  • 00:02:40
    kalau sudah kita buat satu folder
  • 00:02:43
    seperti ini selanjutnya yang harus kita
  • 00:02:46
    cari adalah makro molekul protein yang
  • 00:02:50
    mau kita gunakan sebagai target Nah
  • 00:02:53
    untuk
  • 00:02:55
    mendapatkan makro molekul protein ini
  • 00:02:57
    kita bisa dari
  • 00:03:01
    situs
  • 00:03:04
    www.jw.org atau kita ketik aja langsung
  • 00:03:07
    disini protein dan ageng Ayo kita klik
  • 00:03:12
    Jadi pakai indahkan begini adalah sebuah
  • 00:03:16
    dokumen atau Kumpulan data eksperimental
  • 00:03:20
    struktur tiga dimensi dari makro molekul
  • 00:03:25
    disini kita bisa langsung ketik PDB
  • 00:03:30
    id-nya kalau sudah tahu bisa dari studi
  • 00:03:34
    literatur penelitian-penelitian
  • 00:03:35
    sebelumnya Kalau belum tahu ya kita bisa
  • 00:03:38
    ketik misalnya
  • 00:03:40
    ah siklooksigenase atau obat apa
  • 00:03:45
    berikatan dengan
  • 00:03:46
    apa gitu bisa kita langsung tuh saja di
  • 00:03:50
    sini nanti muncul pada kali ini saya mau
  • 00:03:53
    mencoba
  • 00:03:56
    TH9
  • 00:04:00
    ini PDB Agya yang saya ketik
  • 00:04:06
    nah ini merupakan sub europen yang
  • 00:04:10
    berikan jadinya adalah struktur ikatan
  • 00:04:14
    antara Ibuprofen dengan cyclooxygenase-2
  • 00:04:18
    organismenya
  • 00:04:20
    muskulus Disini yang kita ambil
  • 00:04:23
    itu yang kurang dari dua Armstrong
  • 00:04:28
    Kemudian untuk lihat Lilinnya apa saja
  • 00:04:32
    yang terikat kita bisa Klik juga
  • 00:04:38
    karena
  • 00:04:39
    licin itu tidak hanya bisa saja tidak
  • 00:04:42
    mengikuti paint ahlinya ada satu jadi
  • 00:04:45
    tiga empat lima enam ada enam ligan
  • 00:04:49
    kalau untuk detail yang lagi dikutuk
  • 00:04:52
    melihat Supra kita bisa Klik Disini
  • 00:05:09
    Hai dari sini
  • 00:05:12
    akan muncul
  • 00:05:17
    Kita sekarang kita mau lihat digen saja
  • 00:05:21
    jadi kita tutup dulu ini
  • 00:05:25
    Clear ditutup semua bisa ligan Nah dari
  • 00:05:30
    sini kalau kita Arahkan keligan ini akan
  • 00:05:34
    muncul keterangan dibawah pojok kanan
  • 00:05:36
    kalau ini adalah struktur dari ini
  • 00:05:39
    broken
  • 00:05:41
    jadi berikut profil itu seperti ini
  • 00:05:44
    kalau mau lihat yang lain ada
  • 00:05:48
    enggak tetap
  • 00:05:50
    cari aja
  • 00:05:56
    nih
  • 00:05:57
    ntar kesini Nah itu 1,2 Wetan nih Iyo
  • 00:06:02
    tekanan kita mau ambil itu toh kita
  • 00:06:06
    tidak Sumber Rejeki ya
  • 00:06:09
    Hai keinginan yang kita ambil jadi kita
  • 00:06:11
    coba
  • 00:06:13
    iya bentuknya
  • 00:06:17
    kemudian kita download
  • 00:06:20
    file dalam format PBB
  • 00:06:40
    yang sudah terdownload ini kita
  • 00:06:43
    pindahkan ke folder yang sudah kita
  • 00:06:45
    siapkan tadi proses doping
  • 00:06:48
    Nah kalau sudah seperti ini karena yang
  • 00:06:52
    kita download ini itu bentuknya Kompleks
  • 00:06:56
    selain ada protein terus hujan juga
  • 00:06:59
    ketika ada nah terus agar residu resiko
  • 00:07:02
    dan molekul air jadi kita takluk hasil
  • 00:07:06
    itung dan protein untuk preparasi
  • 00:07:09
    Ayo kita butuh
  • 00:07:18
    ingat Discovery studio
  • 00:07:27
    jadi nanti kita selain menghilangkan
  • 00:07:30
    residu dan ukuran layarnya nanti kita
  • 00:07:33
    juga mengisahkan antara protein dan
  • 00:07:36
    hujan yang kita mau tadi kan Ibu makan
  • 00:07:39
    ya Jadi nanti ada dua hal yang berbeda
  • 00:07:48
    jadi seperti ini tampilan baru discover
  • 00:07:51
    ichtyophis Solider yang kita pakai versi
  • 00:07:55
    terbarunya 2021 langsung kita buka saja
  • 00:07:59
    kalian kita download tadi
  • 00:08:04
    Nah kita
  • 00:08:06
    ubah dulu visualisasinya agar ngojek
  • 00:08:11
    pernyataan
  • 00:08:12
    lipxlip
  • 00:08:16
    involution kemudian publik evolusi jadi
  • 00:08:19
    lebih enak dilihat nah bukit ini kecil
  • 00:08:23
    ini tuh merupakan Restu dan mau ke air
  • 00:08:26
    kemudian ini hujannya hujan
  • 00:08:30
    tunggu mau kita
  • 00:08:32
    jalankan ayahnya dengan cara klik streat
  • 00:08:37
    selection klik water molekul air berubah
  • 00:08:41
    jadi warna kuning
  • 00:08:42
    kemudian kita pencet delete dicukur
  • 00:08:46
    sudah kemudian kita mau ambil
  • 00:08:50
    proteinnya dulu kita hilangkan ketika
  • 00:08:53
    tolong kemudian kita hilangkan hujan
  • 00:08:57
    Club scripts Lex Young
  • 00:08:59
    Lex weekend
  • 00:09:01
    kembalikan warna kuning jelek
  • 00:09:04
    terus kita bisa cek Apakah masih ada
  • 00:09:07
    residu residunya Hai
  • 00:09:10
    belum terhapus
  • 00:09:14
    kalau sudah bersih
  • 00:09:19
    cpa lagu payet Stefan
  • 00:09:24
    kita ganti namanya jadi frotin
  • 00:09:28
    dp-nya ganti jadi protein dan teteh teh
  • 00:09:34
    jika kita sudah dapatkan pakainya
  • 00:09:37
    terpana gila kita lanjut keligan kita
  • 00:09:41
    mundurkan sampai kita dapatkan
  • 00:09:44
    identitasnya
  • 00:09:45
    kemudian kita
  • 00:09:47
    richmont tipe pilihan fotoin Cing ketika
  • 00:09:51
    deh
  • 00:09:52
    nah disucikan banyak banget nih jamnya
  • 00:09:56
    Kita tadi kan mau ambil
  • 00:09:59
    Ibuprofen itu Cerry nah Ibuprofen itu
  • 00:10:03
    kan yang ini
  • 00:10:05
    selama ini kita beres dulu
  • 00:10:12
    nge-rap
  • 00:10:22
    kecil gede Ngomong
  • 00:10:26
    Maksudnya
  • 00:10:29
    93 habisnya
  • 00:10:32
    God sini
  • 00:10:35
    cuman insu
  • 00:10:38
    pengikut-pengikutnya struktur di
  • 00:10:40
    beberapa
  • 00:10:42
    Oke sudah
  • 00:10:45
    Udah ngaku kaset
  • 00:10:49
    dengan nama bingung
  • 00:10:52
    infonya jangan lupa diganti pakai cat
  • 00:10:55
    lengket
  • 00:10:58
    kita sudah ini kan dalam format CD ya
  • 00:11:01
    tadi kita ubah jadi koor matte dia
  • 00:11:04
    begitu Itu di toko docul
  • 00:11:07
    jadi kita perlu Buka kode Hai
  • 00:11:10
    Chingu kita pakai yang terlebih
  • 00:11:16
    by Angga Doctor sini nanti protein dan
  • 00:11:20
    bikinnya kita kasih hidrogen dan puasa
  • 00:11:26
    seperti ini
  • 00:11:28
    tampilan dari autodock
  • 00:11:32
    langsung kita
  • 00:11:35
    mulai dengan file with molekul
  • 00:11:39
    kita buka dari satu-satu ya dari protein
  • 00:11:44
    dulu
  • 00:11:45
    oleh
  • 00:11:47
    ngertiin Open
  • 00:11:55
    kemudian kita mau tambahkan YouTube
  • 00:11:57
    hidrogen ketik
  • 00:12:00
    edit-edit hidrogen
  • 00:12:03
    edtgame Tini Holland onlinegdb Oke
  • 00:12:07
    selanjutnya
  • 00:12:09
    kita tambahkan molen quickedit caps dan
  • 00:12:13
    untuk protein ini adalah eh Salman Khan
  • 00:12:18
    yang merupakan muatan positif
  • 00:12:22
    Oke
  • 00:12:24
    sudah Kemudian untuk
  • 00:12:29
    menyimpan menjadikan format PDT kali ini
  • 00:12:33
    tadinya sudah bentuk VCD kita klik
  • 00:12:37
    create kemudian
  • 00:12:40
    kita makro molekul terus kita cus HP In
  • 00:12:47
    The Lex molekul
  • 00:12:53
    ini Oke dan ini tersimpannya langsung
  • 00:12:57
    nanti kita sedikit eh kita masukkan ke
  • 00:13:01
    folder yang sudah kita suka
  • 00:13:07
    Nah kita sudah
  • 00:13:09
    ngerti tangganya berubah warna
  • 00:13:12
    kita akui edit delete ovul kita janjian
  • 00:13:17
    ke lindungi Fairy kulkul hijan Open
  • 00:13:24
    kemudian kita edit hidrogennya kita
  • 00:13:28
    tambahkan
  • 00:13:29
    Olla only Oke selanjutnya kita tambahkan
  • 00:13:34
    muatan tipe.dit Cak Nun tebel Gan kita
  • 00:13:38
    kompetisi aja ini mampu mengganti oke
  • 00:13:42
    tidak sudah kita klik ini data
  • 00:13:47
    input plus hujan salah pokok-pokok
  • 00:13:53
    pondok4d nah kemudian kita checkout Nah
  • 00:13:57
    betul djancox listrik historisnya Nah
  • 00:14:02
    disini terlihat dari 32 tolong ada empat
  • 00:14:06
    atom yang dapat bergerak
  • 00:14:09
    Ayo kita klik dan
  • 00:14:12
    kemudian hujan
  • 00:14:14
    konsentrik dan kita lihat set number of
  • 00:14:17
    porsinya orang tadi atom yang dapat
  • 00:14:20
    bergerak kita dia dalam pelak tubuhnya 4
  • 00:14:23
    jadi disini juga sempat karenanya sudah
  • 00:14:26
    oke kita klik bisnis
  • 00:14:30
    kemudian kita save Light and output SPG
  • 00:14:35
    big
  • 00:14:41
    tempe sudah selesai kita hapus
  • 00:14:46
    delete oh Moko
  • 00:14:49
    continue kemudian kita akan atur
  • 00:14:53
    parameter great kita lanjutkan ke
  • 00:14:57
    docking baru kekeran jadi supaya lebih
  • 00:15:00
    mulut cepat supaya lebih mudah
  • 00:15:03
    berurutan saja
  • 00:15:05
    pertama kita atau dulu Hai pasangan seks
  • 00:15:11
    ada di sini kita ke
  • 00:15:14
    alamat
  • 00:15:16
    folder Gita kita
  • 00:15:18
    kawin alamatnya kemudian kita kembali ke
  • 00:15:23
    Aldo dan kita bisa rap direktori ini
  • 00:15:27
    kita paste
  • 00:15:29
    dari kita Sweep kemudian bisnis
  • 00:15:34
    jadi nanti ketika kita and langsung
  • 00:15:38
    ngelink ke alamat folder yang sudah kita
  • 00:15:40
    siapkan tadi
  • 00:15:41
    setelah di set kita langsung masukkan
  • 00:15:47
    Legend dan protein yang sudah dalam
  • 00:15:50
    format
  • 00:15:53
    edit2
  • 00:15:56
    sudah kemudian kita atur gridnya
  • 00:16:03
    untuk membatasi atau mengatur ruang
  • 00:16:06
    lingkup kligan dalam mencari sisi Hai
  • 00:16:09
    protein jadi kita batasi jtable kita
  • 00:16:14
    klik great makro molekul
  • 00:16:16
    juz ini yang protein Lex molekul yes oke
  • 00:16:26
    kemudian
  • 00:16:29
    lalu kita klik beringit set website itu
  • 00:16:33
    segan kligan Sungai kerjan
  • 00:16:38
    sudah
  • 00:16:40
    kita atur grade boxnya great
  • 00:16:44
    beatbox Nah di sini ada beberapa
  • 00:16:46
    parameter rezeki Takur
  • 00:16:50
    ini number of points ingestion y there
  • 00:16:54
    ada spasinya kemudian ada centerklik
  • 00:16:57
    boxnya Jadi biasanya untuk senyawa uji
  • 00:17:00
    akan kita atur-atur Kita sesuaikan
  • 00:17:03
    Nah untuk kali dashdow vital ini kita
  • 00:17:06
    pakai yang senter only Gan Jadi dia Ya
  • 00:17:09
    ampun bacanya disekitar impian ini
  • 00:17:13
    ujarnya yang jadi sentra udah kemudian
  • 00:17:17
    klik file Lost setting harga
  • 00:17:20
    jika sudah selesai untuk
  • 00:17:23
    mengetes jagain kita klik output set GPS
  • 00:17:28
    Terima kasih namanya doping
  • 00:17:34
    ini data
  • 00:17:36
    lipstick ada di sini
  • 00:17:39
    eh setelah great kita ke doping
  • 00:17:44
    disini kita akan atur parameter doping
  • 00:17:48
    dengan
  • 00:17:49
    memilih makro molekul kemudian kwintal
  • 00:17:54
    mungkin karena yang fleksibel itu
  • 00:17:58
    tidaknya jadi cinta pilihan
  • 00:18:03
    udah kemudian klik doping
  • 00:18:06
    hujan kamu
  • 00:18:09
    dan curut ini yang ligan elegan ini Asep
  • 00:18:16
    kemudian klik docking
  • 00:18:19
    terus parameter ini genetic algorithm
  • 00:18:23
    ini untuk mengatur berapa kali
  • 00:18:25
    penambatan
  • 00:18:27
    biasanya dilakukan 100 kali penambatan
  • 00:18:31
    agar lebih akurat atau bisa lebih
  • 00:18:34
    detailnya bisa kita coba nanti sekali
  • 00:18:37
    tapi nanti proses
  • 00:18:40
    simulasinya akan jauh lebih lama
  • 00:18:43
    resep
  • 00:18:46
    kemudian klik docking nah ini jangan
  • 00:18:50
    sampai lupa di klik 20 parameter
  • 00:18:54
    walaupun hanya kita tinggal klik Asep
  • 00:18:57
    ini tapi kalau sampai Terlupa nanti
  • 00:19:00
    ketika muncul hasil simulasinya tidak
  • 00:19:04
    tidak dapat dibaca kemudian
  • 00:19:09
    Hai
  • 00:19:10
    clips.com Kembali
  • 00:19:12
    terus kita teh
  • 00:19:15
    dengan
  • 00:19:17
    memilih output Larva matnya
  • 00:19:21
    untuk kekasih nama
  • 00:19:24
    banking.com Ungu adalah KWH meter lebih
  • 00:19:28
    kita
  • 00:19:30
    udah selesai selanjutnya tipe
  • 00:19:33
    peran-peran autogrid nah disini karena
  • 00:19:37
    kita sudah step diawal tadi ketika kita
  • 00:19:40
    klik browse langsung munculnya ke alamat
  • 00:19:43
    folder kita kita pilih yang autograde
  • 00:19:46
    tempat Open
  • 00:19:48
    kemudian browse pilih yang doping DPR
  • 00:19:52
    Open naik kita hapus alamatnya
  • 00:19:57
    Imlek jadi ataupun with
  • 00:20:03
    Jokowi DPR
  • 00:20:06
    hydeless Go
  • 00:20:09
    glg Los Nah jadi ini ada proses
  • 00:20:15
    by jangan bisnis atau dikukus tunggu
  • 00:20:20
    sampai hilang kalau selentingan berarti
  • 00:20:22
    proses sudah selesai
  • 00:20:37
    yang sudah kita lanjutkan Ran Ran goblog
  • 00:20:42
    ngeblog kita pilih yang Oktober gempar
  • 00:20:46
    Open
  • 00:20:48
    kemudian bros topi deh
  • 00:20:51
    kalau yang cerita duit DPR yang Ortodok
  • 00:20:55
    ini DPR Open
  • 00:20:58
    siang gue kita hapus timbul dari
  • 00:21:01
    autodock
  • 00:21:04
    doping dpx2
  • 00:21:09
    Hai blg
  • 00:21:11
    nause nah ini tunggu sampai dia hilang
  • 00:21:14
    sendiri jadi membutuhkan waktu kurang
  • 00:21:17
    lebih
  • 00:21:17
    15-30 menit kalau kita lakukan bagus
  • 00:21:21
    sekali tenang datang yang menemuinya
  • 00:21:23
    jemur 30 menit atau lebih tulang lebih
  • 00:21:26
    lama
  • 00:21:28
    jadi nanti hasilnya kita akan
  • 00:21:31
    mendapatkan file dalam format George dlg
  • 00:21:35
    dan website
  • 00:21:37
    ini jika sudah selesai
  • 00:21:41
    takut mendapatkan hasil seperti ini
  • 00:21:49
    sudah
  • 00:22:05
    nyonya-nyonya ikan yang tadi orang motor
  • 00:22:09
    a-gps Ipah utuh untuk membuka datagate
  • 00:22:14
    kita tutup
  • 00:22:18
    disebutkan kita dipilih center ujan kita
  • 00:22:21
    enggak ada ubahnya jadi itu masih 40 40
  • 00:22:24
    40 kemudian bisa juga bisa kita lihat
  • 00:22:27
    koordinat x kreditnya berapa Excel 1903
  • 00:22:31
    ayena
  • 00:22:33
    wujudnya 6 makan
  • 00:22:37
    dulu sana yang bisa kita lihat dulu
  • 00:22:39
    mungkin
  • 00:22:48
    bbm-an senyum hanya keterlambatannya
  • 00:22:52
    kita lakukan tadi sekali
  • 00:22:56
    kemudian
  • 00:22:59
    Deti LG
  • 00:23:03
    bisa lihat ini adalah score
  • 00:23:09
    Hai sebelum kita klik enak hujan ini
  • 00:23:13
    adalah koordinat setelah kita klik enter
  • 00:23:16
    penelitian
  • 00:23:19
    Kemudian
  • 00:23:22
    untuk melihat hasil simulasinya doping
  • 00:23:25
    blg
  • 00:23:28
    habis ini
  • 00:23:30
    bapaknya kan punya
  • 00:23:33
    kita bisa melihat
  • 00:23:35
    energi bebasnya berapa
  • 00:23:39
    untuk menyetel semuanya kita kontrol er
  • 00:23:43
    kita klik kita ketik histogram
  • 00:23:47
    nanti muncul ngaji semua ada kolesterol
  • 00:23:51
    kemudian ada laut gemuk rincian menjadi
  • 00:23:55
    kewajiban
  • 00:23:57
    nonklastik jadi disini kelas terang ini
  • 00:24:01
    adalah berapa
  • 00:24:04
    otiti atau
  • 00:24:07
    konfirmasi yang diduduki oleh Hai jangan
  • 00:24:10
    terhadap resep
  • 00:24:12
    terhadap target dari 100 kali penambatan
  • 00:24:16
    Manado sini kita bisa lihat ternyata
  • 00:24:18
    hanya ada satu Konfirmasi saja dengan
  • 00:24:23
    energi pegasnya minus hypoma 47 nah
  • 00:24:28
    minus
  • 00:24:30
    energi Ghost ini bisa digunakan untuk
  • 00:24:33
    perbandingan dengan senyawa uji jadi
  • 00:24:36
    yang mana yang paling rendah itu ngerti
  • 00:24:38
    beratnya koil mobil
  • 00:24:41
    dan eh karena adalah
  • 00:24:45
    18 Kemudian untuk melihat apakah hasil
  • 00:24:50
    validasi dokumen menggunakan software
  • 00:24:52
    yang kita pakai ini layak atau tidak
  • 00:24:54
    untuk dilanjutkan sebagai molekul
  • 00:24:56
    senyawa uji kita harus lihat gua akhlus
  • 00:25:00
    Dina gimana jika di bawah kurang dari
  • 00:25:05
    dua Armstrong itu berarti dapat
  • 00:25:08
    dikatakan
  • 00:25:09
    cce Maulid Nabi sini mulai kita
  • 00:25:13
    0,45 9 Armstrong makanya dapat dikatakan
  • 00:25:18
    kali
  • 00:25:21
    selanjutnya
  • 00:25:23
    kalau mau melihat asam amino asam amino
  • 00:25:27
    yang terikat dengan ligan yang berperan
  • 00:25:30
    menjaga stabilitas senyawa pada reseptor
  • 00:25:33
    itu kita bisa pakai otodoke
  • 00:25:37
    berhenti kecuali satunya kita bisa pakai
  • 00:25:40
    discovering studio visualiner
  • 00:25:43
    2021 atau bisa juga pakai
  • 00:25:48
    50 ini kita
  • 00:25:50
    edit delete onok Wong Kok bingung
  • 00:25:58
    dengan kita pilih and Alaik
  • 00:26:01
    beku Open hutan dapat kita kau bintangi
  • 00:26:06
    bpja open
  • 00:26:09
    yo yo
  • 00:26:09
    [Musik]
  • 00:26:11
    kemudian ono ae
  • 00:26:14
    makro molekul
  • 00:26:16
    Indian Open
  • 00:26:21
    sedang Cut kemudian ngelive information
  • 00:26:27
    kelereng Bang energi nah ini kita klik
  • 00:26:30
    yang 2 dari kanan
  • 00:26:34
    kita dapat melihat Soul info di sini ada
  • 00:26:38
    dinding enak dilidah
  • 00:26:42
    pedagang-pedagang dapat kita lihat
  • 00:26:45
    kemudian but
  • 00:26:48
    about nyanyi dokter lihat ada protein
  • 00:26:53
    asam amino arginin yang berikatan dengan
  • 00:26:56
    hijab kita atau gua
  • 00:27:00
    Naruto
  • 00:27:01
    melihat juaranya tadi
  • 00:27:06
    enggak jadi kita buat dulu kita set Ya
  • 00:27:09
    udah kerjanya ini Tengah plus kuno untuk
  • 00:27:13
    kita
  • 00:27:14
    buat standar
  • 00:27:17
    dipasak buat Kompleks ini kita pilih
  • 00:27:20
    Sanggau
  • 00:27:24
    kemudian ditekan mau lihat juara 1
  • 00:27:29
    Tabing ada dianggap
  • 00:27:33
    berapa ya
  • 00:27:36
    kamu lihat padahal
  • 00:27:39
    peran keberapa atau punya sesungguhnya
  • 00:27:42
    itu kita Tengah Seperti apa gitu Jadi
  • 00:27:46
    kita ke
  • 00:27:48
    berpindah Agung
  • 00:27:51
    nah ini pamit orangnya pada 18 duduk
  • 00:27:57
    iPhone
  • 00:27:58
    disuruh
  • 00:28:02
    18.18 pencipta klik surat Kompleks
  • 00:28:07
    tulis posts
  • 00:28:09
    aku takut l ketik Kompleks
  • 00:28:13
    untuk mengingatnya kita ngomong pakai
  • 00:28:18
    uncovering
  • 00:28:30
    tertutup dulu
  • 00:28:33
    woi kingdom yang tadi kita kasih kita
  • 00:28:37
    buka kalau
  • 00:28:40
    Kompleks kita tadi ini kita ubah jadi
  • 00:28:44
    orang males
  • 00:28:48
    udah cepat kulit Kompleks oven
  • 00:28:56
    kamu dunia tim sebelah kiri paling gemuk
  • 00:28:59
    Interaction detik
  • 00:29:03
    kemudian Show 2 DVD Minecraft PE
  • 00:29:09
    wuah jadi disini terlihat tadi kan aku
  • 00:29:14
    adopsi terdapat Agungnya
  • 00:29:16
    manual ngetik apaan disini kita bisa
  • 00:29:20
    lihat lebih detail
  • 00:29:22
    ah tangan warna orange hiu Kalau belum
  • 00:29:28
    mau terkait kita coba putih-putih iya
  • 00:30:02
    nah atribut of money nga Kanada Halo
  • 00:30:09
    Amang luar dingin
  • 00:30:11
    pabrikan dengan
  • 00:30:14
    Tungguin kita IDP Ibuprofen tapi ada Om
  • 00:30:21
    ngantuk Yang orang ini merupakan ikatan
  • 00:30:26
    hidrogen
  • 00:30:28
    elektrostatik disini kita bisa melihat
  • 00:30:31
    enaknya terus koordinatnya
  • 00:30:34
    itu kemudian Coba kita lihat yang
  • 00:30:39
    ujungnya
  • 00:30:42
    itu kangen atribut
  • 00:30:46
    nah disini Samada sama minum air dingin
  • 00:30:50
    merupakan dengan hidupmu belakangku
  • 00:30:54
    untuk yang hijau ini merupakan ikatan
  • 00:30:57
    hidrogen
  • 00:30:58
    penjera menganggap bikinnya terus kita
  • 00:31:02
    lihat
  • 00:31:04
    Oke seperti itu
  • 00:31:06
    Nah ini Hai jadi nanti jadinya akan asam
  • 00:31:12
    amino ini Tibet letak bandingkan dengan
  • 00:31:16
    hasil antara validasi metode
  • 00:31:20
    atau senyawa uji
  • 00:31:23
    atau studi literatur sehingga tak tahu
  • 00:31:27
    apakah ada ikatan yang berpotensi auto
  • 00:31:31
    disorientasi tiga dimensi nya kita bisa
  • 00:31:34
    pakai Imo
  • 00:31:36
    Mungkin itu saja tutorial yang dapat
  • 00:31:40
    saya bagikan
  • 00:31:41
    mohon maaf atas segala kekurangan
  • 00:31:44
    kekeliruan semoga video ini bermanfaat
  • 00:31:47
    untuk kita semua wassalamualaikum
  • 00:31:50
    warahmatullahi wabarakatuh
  • 00:31:53
    [Musik]
Tags
  • molecular docking
  • simulation
  • protein
  • ligand
  • drug design
  • AutoDock
  • software
  • visualization
  • free energy
  • interaction analysis